В России разработали программу дизайна фрагментов ДНК для более точной диагностики рака
Программу для дизайна коротких фрагментов ДНК – олигонуклеотидов, необходимых для диагностики онкологических заболеваний путем секвенирования нового поколения (NGS), создали в Передовой инженерной школе (ПИШ) НГУ. Врачи онкоцентра смогут самостоятельно формировать нуклеотидные последовательности, необходимые для постановки диагноза конкретному пациенту.
В ПИШ НГУ была разработана программа “Олигодизайнер”, которая позволяет осуществлять дизайн олигонуклеотидов для областей генома, которые интересны врачам в целях диагностики. В результате работы программы формируется готовый файл с нуклеотидными последовательностями, который передается в специализированную организацию для синтеза олигонуклеотидов.
На сегодняшний день в России эти необходимые для NGS-секвенирования компоненты не синтезируются, эти реагенты заказывались за рубежом. Дизайна как такового также не происходило в РФ, поэтому это является актуальной задачей для решения поставленной задачи по преодолению технологического барьера.
Молекулярно-генетические методы в диагностике онкологических заболеваний используются для выявления нарушений в генах, являющихся причиной развития заболеваний. Результаты диагностики необходимы как для правильной постановки диагноза, так и для выбора оптимальной стратегии лечения и использования таргетной терапии, что позволит избежать назначения неэффективной и дорогостоящей терапии. Метод NGS-секвенирования позволяет исследовать одновременно множество областей генома, нарушения в которых могут быть связаны с развитием онкологических заболеваний. Студенты ПИШ НГУ уже работают с программой для создания новых панелей олигонуклеотидов.
Программа будет доступна врачам для выбора актуальных реагентов для диагностики и выбора терапии пациентов. Работа в “Олигодизайнере” не требует специальных навыков в области биоинформатики и программирования. В центре компетенций также разрабатывается курс дополнительного профессионального образования для врачей по обучению работе с программой.
В процессе использования программа будет обучаться на данных, полученных в ходе секвенирования, что даст возможность создавать усовершенствованные версии олигонуклеотидов для повышения точности диагностики.
Источник: nauka.tass.ru
